控制了言路之后，再加上又有很大话语权的光海君的支持，北人党的野心急剧膨胀，当然不会满足现状，任由南人党骑在头上。
为了能把南人党给打倒，北人党试图抓住南人党的根基予以沉重打击。在明军主力撤出朝鲜后，支撑南人党的主要军事力量就是屡立战功的李舜臣领导的朝鲜水军了。因此，要除掉柳成龙，首先就要先把李舜臣给除掉。
不过，李舜臣毕竟是有过极高战功的将军，当时朝鲜陆军大溃退，只有李舜臣的水军始终没让日军占到丝毫便宜，并多次阻击了日军的后方运输线。为了能够成功打倒李舜臣，北人党拉拢了名将元均。
元均与李舜臣，年轻的时候都在北方抵抗女真族的多次入侵。当时，他们两人都是抗击女真入侵的名将，名望不相上下，因此元均与李舜臣之间，曾就为了战功产生过了巨大的分歧。到了“壬辰倭乱”之际，两人又都不约而同地都成了水军的将领，很自然的，他们又为了军功问题产生了矛盾。
虽然元均是陆战的名将，但对于水战就不行了。加上李舜臣同样在水战上立下了赫赫战功，并得到了柳成龙的亲睐，令失意的元均感到非常不满。
北人党利用了这两个人的私人矛盾，来削弱南人党的力量。在北人党的支持下，元均上疏诬陷李舜臣在战时与日军有过勾结，虽然说李昖并不相信李舜臣通敌，但由于李山海控制了言路，使得形势对李舜臣非常不利。
并且，李昖此时也已经对逐渐做大的南人党产生了警惕，议政府领议政和左议政都是南人党把持着，如果再加上一个掌握着兵权的李舜臣，岂不是有了威胁自己统治的实力？
显然柳成龙也似乎意识到了这一点，考虑到大局初定，既不想与北人党产生大规模冲突，又不能失信于李昖，因此弃车保帅，没有积极阻止北人党弹劾李舜臣。而李昖也睁一只眼闭一只眼，李舜臣无辜地被灌上了“莫须有”的罪名，丧失了军权。
北人党的第一轮反扑取得了相当大的成功，南人党支持的李舜臣失去了统帅水军的权力，元均成了水军统领，掌握了朝鲜的水军。
南人党此次失去的不仅是水军的统治权，他们的巨头之一、担任左议政的李德馨本是北人党首领李山海的女婿，对于柳成龙对待政敌过于保守迁就的个性本就非常不满，再加上这次没有保住功勋名将李舜臣，他在政策上已经偏向于中立了。
而南人党另一巨头李元翼，是个资历丝毫不输于柳成龙的老臣，他也不满柳成龙独自一人掌控南人党，并且妥协的做派。因此南人党虽然表面上还是掌握着议政府，但内部却矛盾重重。
北人党方面，通过了“壬辰倭乱”涌现了一大批新的人才，如郑仁弘、洪汝淳、南以恭等人。李山海早年被柳成龙扳倒之后，就失去了北人党的实权，不过由于他的威望，还是被北人党的后辈们请出来作为精神领袖。
这样一来，虽然像南人党一样，在北人党内部也有斗争，但总算有个精神领袖作为他们的首脑，在对抗南人党这个问题上，北人党内部还是非常团结的。掌握了水军之后，再加上已经有了不少话语权的光海君的支持，北人党竟然隐隐压过南人党一头，这从去迎接朱常洛的大臣中，北人党占据了六个位置，而南人党仅占了四个位置就能看出端倪。
当然，朱常洛看了冷漠搜集到的情报知道，朝鲜内部的矛盾还不止于此。
挫败了西人党的东人党之所以分裂成南人党和北人党，还是在于建储上。朝鲜王李昖如同朱翊钧一样，此时也是没有嫡子，他本人比较欣赏次子光海君，在与西人党的建储之争上，东人党便支持光海君，借此击败了支持定远君的西人党。
当朝鲜把自己选择的世子人选光海君报给大明，希望大明进行册封时，却出了问题。大明也正为了国本之争而焦头烂额，与朝鲜不同的是文官集团在与朱翊钧抗衡。面对朝鲜的世子人选既不是嫡子又不是长子的光海君，内阁和礼部当然大笔一挥，以违制驳回。
正是由于大明的态度，东人党内部本就有一些矛盾，最后直接分裂成了支持光海君的北人党和转而支持长子临海君的南人党。